Das Ziel des Bundesprogramms Nutztierhaltung ist die Weiterentwicklung von Tierwohl und Umweltschutz in der landwirtschaftlichen Tierhaltung – in bestehenden und neuen Stallbauten. Die Berücksichtigung der betrieblichen Voraussetzungen ist dabei entscheidend. Als Lenkungs- und Finanzierungsinstrument von verschiedenen Modulen, ist das Bundesprogramm Nutztierhaltung ein wichtiger Baustein im Rahmen der Nutztierstrategie des Bundesministeriums für Ernährung und Landwirtschaft (BMEL). Mit bestehenden Forschungsaktivitäten ist es eng vernetzt. Die Bundesanstalt für Landwirtschaft und Ernährung (BLE) setzt das Programm im Auftrag des BMEL um.

Die einzelbetriebliche Investitionsförderung und die markt- und standortangepasste sowie umweltgerechte Landbewirtschaftung einschließlich Vertragsnaturschutz und Landschaftspflege (MSUL) werden weiterentwickelt und ausgebaut.  Die Grundstruktur und - ausrichtung des Agrarinvestitionsförderprogramms (AFP) hat sich bewährt. Die Struktur der Investitionsförderung ist bereits stark auf Tierschutzbelange ausgerichtet.
Der GAK-Rahmenplan ab 2019 sieht bereits eine verbesserte Förderung von Umbau- und Anbaumaßnahmen in bestehenden Stallbauten für Sauen und Rinder in Anbindehaltung vor. Als Beitrag zur Deckung variabler Kosten eignen sich jährliche Zahlungen im Rahmen von MSUL, markt- und standortangepasste sowie umweltgerechte Landbewirtschaftung einschließlich Vertragsnaturschutz und Landschaftspflege.

Das BMEL entwickelt ein staatliches Tierwohlkennzeichnen für das eine tiefe Marktdurchdringung angestrebt wird. Es soll in der Breite der Tierhaltung wirken und gleichzeitig ein transparenter Schritt hin zu mehr Tierschutz sein. Das setzt die Bereitschaft aller Beteiligten voraus, an der Umsetzung mitzuwirken. Die vorhandenen Initiativen sollen dabei miteinbezogen werden.

Es bestehen züchterisch bedingte Tierschutzprobleme. So führt die Selektion auf die Leistung weiblicher Tiere, wie bei den Legehennen und Milchkühen, zu einer Entwertung der männlichen Nachkommen. Mit gezielter Förderung soll der Trend zur Berücksichtigung von funktionellen Merkmalen, wie zum Beispiel der Gesundheit, gestärkt werden. In einer nachhaltigen Tierzucht müssen die Zuchtziele zwischen den Merkmalen der Mengenleistung und der Robustheit der Tiere ausgewogen sein. Mit den Zuchtorganisationen und -unternehmen werden entsprechende freiwillige Vereinbarungen getroffen.
Das nationale Fachprogramm zur Erhaltung und nachhaltigen Nutzung tiergenetischer Ressourcen  in Deutschland ist in die nationale Strategie zur biologischen Vielfalt eingebettet . Es sieht ein Monitoring über die in Deutschland vorhandenen Rassen vor.

Mithilfe des Ordnungsrechts können in verschiedenen Bereichen Verbesserungen für das Tierwohl erzielt werden; zum Beispiel durch die Einführung des Prüf- und Zulassungsverfahrens für serienmäßig hergestellte Stalleinrichtungen auf Tierschutzanforderungen, die Belegung der beruflichen Qualifikation als Voraussetzung für die Nutztierhaltung und die Sicherstellung qualifizierter Fort- und Weiterbildung durch ein breites Qualifizierungsangebot.
Einige Tierhaltungsverfahren, die unter Tierwohlaspekten erwünscht sind, können zu einer Erhöhung der NH³- und Geruchsemmissionen führen. Hier sollten eine Abwägung zugunsten des Tierwohls vorgenommen werden und zugleich Maßnahmen entwickelt und umgesetzt werden, die diese Emissionen verringern. Die TA-Luft wird auf die Erreichbarkeit dieser Ziele überprüft.
Im Fokus stehen ebenso das Bebauungs- und Genehmigungsrecht, die Flächenbindung sowie Bestrebungen zur Minimierung der Verwendung von Antibiotika.

Im Rahmen der Nutztierstrategie geht es auch darum, die Produkt- und Prozessqualität, die das Tierwohl einschließt, und die Effizienz des Einsatzes von Ressourcen wie Futter und Wasser in der Tierhaltung zu erhöhen. Dadurch wird der ökologische Fußabdruck der Tierhaltung verbessert und ein bewussterer Umgang mit tierischen Erzeugnissen gefördert.
Die Informationen für Verbraucher und Verbraucherinnen über gesundheitsfördernde Ernährung schließt tierische Erzeugnisse ein und soll einer ausgewogenen Ernährung dienen.

Es wird ein Premiumniveau auch beim Export tierischer Erzeugnisse angestrebt. Gleichzeitig muss den knapper werdenden Produktionsfaktoren und Umweltgütern in der Veredelung Rechnung getragen werden. Es wird daher Wert auf die effiziente und vollständige Verwertung aller Teilstücke gelegt, vor allem solche, die auf dem heimischen Markt eine niedrige, in anderen Ländern eine hohe Wertschätzung genießen.
Die Wirkungen von Exporten tierischer Produkte und Futtermittelimporten sollen in den Ziel- und Herkunftsländern analysiert und gegebenenfalls Maßnahmen entwickelt werden. 

In der GAP, erste und zweite Säule, sollen Anreize und Rahmenbedingungen für die künftige Förderperiode geschaffen werden, um kleinere und mittlere tierhaltende Betriebe bei der Anpassung an höhere Tierwohl- und Umweltstandards durch die Förderung zu unterstützen.

Grünland gilt als ökologisch wertvoller als Ackerland. Wirtschaftlich ist es meist weniger rentabel. Traditionell erfolgt die Grünlandnutzung durch Weiderhaltung und Futterwerbung. Das BMEL strebt eine Erhöhung des Grünlandanteils an und erarbeitet mit dem Julius Kühn-Institut eine Grünlandstrategie. Eine stärkere Unterstützung der Grünlandbewirtschafter wird geprüft. 

Die Empfehlungen der Nutztierstrategie wurden auf Machbarkeit und Folgenabschätzung durch externe Untersuchungen geprüft.