Leider sind Krankheitserreger unsichtbar und etwas zu bekämpfen, das man nicht sehen kann, ist immer schwierig. Erreger können selbst über optisch saubere Hände in den Bestand eingeschleppt werden. Hilfreich ist es deshalb, sich bewusst zu machen, auf welchen Wegen und mit welchen Vektoren Keime verschleppt werden. Dies geschieht zum Beispiel über unbelebte Vektoren wie Fahrzeuge, Futter, Beschäftigungsmaterial, Einstreu, Wasser oder Gegenstände und Gerätschaften, die mit dem Geflügel in Kontakt kommen – dazu zählen zum Beispiel auch Eierpappen. Der andere Weg (in den Stall hinein und aus dem Stall heraus) sind belebte Vektoren wie Schadnager und Insekten, Personen sowie Wild- und Haustiere.
Sind die Wege ausgemacht, fällt das Eingreifen leichter. Und obwohl sich die Tiere im Mobilstall nicht komplett von ihrer Umwelt abschirmen lassen, sind einige der Eintragsmöglichkeiten durchaus beherrschbar. Grundsätzlich zu empfehlen ist das Einzäunen der Rotationsfläche, also der Fläche, auf der der Mobilstall versetzt wird. Auch das Anbringen von Schildern "Für Unbefugte Betreten verboten!" kann als Abgrenzung sinnvoll sein. Maßnahmen wie Schuhwechsel, Händewaschen oder Kleidungswechsel und das Praktizieren eines Schwarz-Weiß-Konzeptes können einige Gefahren eines Eintrags von Krankheitskeimen oder Viren abmildern.